Платформенный чехол
На территории Непско-Ботуобинской антеклизы платформенный чехол может быть разделен на несколько структурных ярусов. Самый нижний из них — рифейский (байкальский). Анализ строения и распределения рифейских образований показывает, что наиболее полные разрезы рифея характерны для соседних с НБА депрессионных зон. Здесь они представлены Отложениями нижнего, среднего и верхнего рифея. Нижние и средние рифейские образования, по-видимому, соответствуют переходному структурному этапу. Они характеризуются резкими изменениями мощностей, невыдержанностью разреза, в их нижней части развиты туфогенные и эффузивные образования. Верхнерифейские отложения практически являются уже платформенными. Они представлены карбонатными, карбонатно-терригенными и терригенными формациями. При этом отмечается существенное изменение фациального состава пород и уменьшение мощности (за счет выпадения из разреза нижних горизонтов) к окраинным зонам антеклизы. В пределах же самой территории Непско-Ботуобинской антеклизы рифейские образования отсутствуют. Вскрытые глубокими скважинами на Талаканской (скв. 804) и Верхненюйской (скв. 781) площадях большие мощности (соответственно 660 и258 м) терригенных пород нижнего венда могут свидетельствовать, что рифейские образования могли отлагаться здесь в пределах грабенообразных структур. Большая же часть антеклизы в рифейское время представляла собой крупнейшую область денудации.
Вышележащий венд-силурийский (каледонский) структурный ярус сплошь покрывает Непско-Ботуобинскую антеклизу, слагая на большей ее части весь платформенный чехол, мощность которого превышает обычно 1,5-2,0 км. Лишь на северо-западном склоне антеклизы распространены образования верхнепалеозойского, триасового и юрского структурных ярусов, мощность каждого из которых измеряется первыми сотнями метров. Юрские отложения сохранились также в виде реликтовых небольших участков и в более юго-восточных районах антеклизы. Породы девонско-раннекаменноугольного (раннегерцинского) структурного яруса, широко развитые в пределах крупнейших и крупных отрицательных структур Сибирской платформы, на территории антеклизы практически отсутствуют. В результате верхнепалеозойские и юрские отложения залегают на различных горизонтах нижнего палеозоя. Кроме того, перерывы в осадконакоплении имели место и в течение венда и раннего палеозоя. Так, на значительной территории, особенно в присводовой части антеклизы, под криволуцкими отложениями среднего ордовика отсутствуют ийско-бадарановские терригенные, а иногда и усть-кутские терригенно-карбонатные породы нижнего ордовика. Соотношение структурных планов разновозрастных горизонтов платформенного чехла в значительной мере также усложнено за счет постсёдиментационного перераспределения масс кембрийских солей в юго-восточной части НБА и внедрения пермо-триасовых трапповых интрузий.
Основные перспективы нефтегазоносности и уже выявленные скопления углеводородов на рассматриваемой территории связаны с венд-нижнекембрийские нефтегазоперспективные горизонты залегают на благоприятных для сохранения залежей глубинах и образуют самый высокий и крупный на Сибирской платформе непрерывный свод. Окружающие антеклизу со всех сторон обширные погружения Курейской и Присаяно-Енисейской синеклиз, Ыгыаттинской впадины и особенно Предпатомского регионального прогиба с мощным комплексом рифейских отложений несомненно обусловливают перспективы ее нефтегазоносности.