Фундамент
Современные представления о глубинном строении земной коры, тектонике кристаллического фундамента Непско-Ботуобинской антеклизы базируются на геофизических данных и результатах их комплексной интерпретации. При этом строение глубоких горизонтов и рельефа поверхности кристаллического фундамента основывается главным образом на сейсмических материалах. При изучении внутренней структуры фундамента используется комплексный анализ гравиметрических и магнитометрических данных с учетом выработанных критериев отражения в потенциальных полях структурных комплексов, развитых в пределах обрамления, а также данных глубокого бурения, вскрывающих породы кристаллического фундамента.
Непско-Ботуобинская антеклиза глубинными сейсмическими зондированиями (ГСЗ) изучена недостаточно. Она пересечена двумя региональными маршрутами ГСЗ (Диксон — Хилок, Колпашево — Куду-Куель), выполненными НПО «Нефтегеофизика». В ее юго-восточной части проведены ИГиГ СО АН СССР и НТО «Иркутскгеофизика» в небольшом объеме сейсмические зондирования земной коры, являющиеся составной частью сейсмических исследований в районе Байкальской рифтовой зоны.
Эти данные, а также определение глубин залегания поверхности Мохоровичича с использованием принципа изостазии позволили составить представление о мощности земной коры и рельефе ее поверхности в пределах антеклизы.
Глубины до раздела кора ‑ мантия Непско-Ботуобинской антеклизы в среднем составляют40 км. Несмотря на небольшую мощность развитых здесь платформенных отложений (1,5-2,0 км) и приподнятое положение поверхности фундамента, она не находит отражения в рельефе поверхности Мохоровичича. Мощность коры здесь, как и для большей части Сибирской платформы, не коррелируется с мощностью платформенных отложений. Выделяемые в рельефе поверхности Мохоровичича, небольшие по амплитуде (3 км), ундуляции скорее всего отражают характер новейших тектонических движений. Так, в центральной зоне Непско-Ботуобинской антеклизы, характеризующейся наименьшими отметками глубин до подошвы земной коры (39-40 км), на карте новейшей тектоники Сибирской платформы соответствует зона меньшей активности движений за новейший этап. Зонам больших восходящих движений за новейший этап отвечают области погружения глубин до поверхности Мохоровичича. Эта закономерность наблюдается к юго-западу от центральной зоны антеклизы. Мощность коры здесь увеличивается до 42-45 км. Отмечаемая закономерность между мощностью земной коры и характером новейших движений Характерна и для других зон Сибирской платформы, таких как плато Путорана, Анабарский массив, Канско-тасеевская впадина и др.
На западе и юго-западе она ограничивается Канско-Тасеевской впадиной с глубиной погружения фундамента до7 км. На юго-востоке Непско-Ботуобинская антеклиза ограничена Предбайкальским региональным прогибом с глубинами до кровли фундамента4 км, а на северо-востоке — Ыгыаттинской (6 км) и Кемпендяйской (12 км) впадинами.
Таким образом, по кровле кристаллического фундамента Непско-Ботуобинская антеклиза представляет собой огромную по размерам (350×750 км) и амплитуде (750-1000 м) приподнятую зону. Склоны и купольная часть этой поверхности осложнены разломами, положительными и отрицательными структурными формами с амплитудой до 200-250 м.